Fièvre élevée après un vaccin, la piste du microbiote

Pourquoi une même injection provoque-t-elle une forte fièvre chez les uns et aucune réaction chez les autres ? Une étude publiée le 8 octobre 2026 dans la revue Science propose une explication : l’état de la flore intestinale, qui dépend en partie de l’alimentation, pourrait peser sur l’intensité de la réponse au vaccin.

Une cohorte de 171 vaccinés suivie pendant deux semaines

Le travail réunit des équipes allemandes, américaines, canadiennes et françaises, dont l’Institut Max Planck, l’Institut Pasteur et l’Inserm. D’après La Dépêche, il repose sur le programme µHEAT, qui a suivi de jeunes adultes en bonne santé vaccinés contre le Covid-19 en 2021 et 2022. Les volontaires ont donné des échantillons de selles et de sang, et ils ont relevé leur température durant la semaine précédant l’injection, puis durant la semaine suivante.

Selon Sciences et Avenir, la dose administrée était un rappel avec un vaccin à ARN, le plus souvent celui de Pfizer-BioNTech.

Les chercheurs ont trié les volontaires selon l’élévation de leur température après l’injection. Le groupe « fièvre élevée » rassemble ceux dont la hausse a dépassé 0,8 °C, soit 72 des 171 participants. On y trouvait surtout des omnivores, alors que les végétariens et les véganes y apparaissaient peu.

Des signes d’inflammation visibles avant même la piqûre

Chez les personnes qui ont ensuite eu le plus de fièvre, la flore intestinale avait déjà un profil particulier avant la vaccination : elle activait plus de gènes liés à la mobilité bactérienne, soit la faculté de certaines bactéries de se déplacer grâce à un flagelle. Leur sang et leurs selles contenaient aussi davantage de marqueurs inflammatoires.

Le flagelle est fait de flagelline, une protéine que fabriquent également des bactéries pathogènes comme Salmonella. Pour le système immunitaire, elle ressemble donc à un signal d’alerte, ce qui déclenche une réaction inflammatoire. Les auteurs, cités par La Dépêche, estiment que la flagelline produite dans l’intestin pourrait façonner l’état immunitaire de départ d’une personne et, par ricochet, sa réaction au vaccin.

Cette hausse de flagelline provenait d’un excès de bactéries du genre Waltera, de la famille des Lachnospiraceae. On les retrouvait aussi en nombre anormal dans un second groupe, constitué d’environ mille Canadiens ayant eu des effets indésirables après des vaccins anti-Covid.

Pour vérifier si la flore pouvait jouer un rôle direct, l’équipe a transplanté les microbiotes de certains volontaires à des souris élevées sans aucun germe intestinal. Une fois vaccinées, celles qui avaient reçu la flore de personnes très fébriles ont développé une inflammation plus forte que celles dotées de la flore de personnes sans fièvre.

Une autre hypothèse a été écartée. Le niveau d’anticorps dirigés contre le coronavirus après l’injection ne suivait pas l’état inflammatoire et ne semblait pas modifier de façon notable le risque de forte fièvre.

Ce que l’alimentation change dans les résultats

Plusieurs éléments relient ces bactéries à ce que l’on mange :

• une méthode d’analyse des selles permet de reconstituer le régime d’une personne ; elle montre que les omnivores consomment davantage d’aliments ultra-transformés que les végétariens, et Sciences et Avenir en conclut que la viande n’est pas le facteur en cause ;
• en laboratoire, l’association de plusieurs additifs courants dans ces produits, notamment l’émulsifiant carboxyméthylcellulose, stimule la multiplication des Waltera et la fabrication de flagellines inflammatoires ;
• les volontaires qui mangeaient plus de fruits et de légumes avaient en général moins d’effets indésirables ;
• chez la souris, une alimentation de type occidental, riche en graisses, a amplifié les réactions inflammatoires aux vaccins.

Les deux médias ne mettent pas l’accent au même endroit : l’un insiste sur les produits ultra-transformés, l’autre sur les fruits, les légumes et les graisses.

Une piste de recherche, pas une consigne

Bali Pulendran, de l’université Stanford, signe un commentaire dans le même numéro de Science. Sciences et Avenir le cite : selon lui, ni l’alimentation, ni l’écologie microbienne, ni l’état métabolique ne sont figés, et l’on pourrait un jour se préparer à une vaccination de manière délibérée. Le magazine ajoute que cette perspective pourrait rendre la vaccination plus simple et mieux acceptée, mais que d’autres études sont nécessaires avant toute validation.

La Dépêche rapporte que des interventions visant le microbiote pourraient être étudiées à l’avenir pour atténuer certaines réactions inflammatoires après une vaccination. Pour l’instant, il s’agit d’une perspective de recherche, que d’autres études devront confirmer.

Photo à la une. Source : Wikimedia Commons. Photographe : USDAgov. Licence : Public domain.